Integram a administração direta do Estado, no âmbito do MCTES e ME, os seguintes serviços centrais:
Inspeção-Geral da Educação e Ciência (IGEC)
Direção-Geral da Educação (DGE)
Direção-Geral do Ensino Superior (DGES)
Direção-Geral da Administração Escolar (DGAE)
Direção-Geral de Estatística da Educação e Ciência (DGEEC)
Prosseguem atribuições do ME, sob superintendência e tutela do respetivo ministro, os seguintes organismos:
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I. P. (FCT)
Estádio Universitário de Lisboa, I. P. (EUL)
Centro Científico e Cultural de Macau, I. P. (CCCM)
Agência Nacional para a Qualificação e Ensino Profissional ,I.P. (ANQEP)