Núcleo de Auditoria e Controlo Interno (abreviadamente também designado NACI)
Núcleo de Gestão de Operações em Fundos Europeus (abreviadamente também designado por NGOFE)
Diretora do Departamento de Administração Geral - Maria Catarina Lopes Alves Mendes
Núcleo de Contratação Pública (abreviadamente também designado por NCP)
Unidade de Gestão e Controlo Financeiro (abreviadamente também designada por UGCF)
Diretor do Departamento de Gestão de Infraestruturas Tecnológicas - Miguel Nuno Silva Diniz
Diretora do Departamento de Gestão e de Recursos Humanos - Maria de Lourdes Gomes Ribeiro Curto
Núcleo de Gestão de Pessoas (abreviadamente também designado por NGP)
Núcleo de Gestão Financeira dos Estabelecimentos de Ensino (abreviadamente também designado por NGeFE)
Núcleo Jurídico e de Apoio aos Estabelecimentos de Ensino (abreviadamente também designado por NJ)
Diretor do Departamento do Orçamento da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior - Nuno Fernando de Vasconcelos Figueiredo Tavares
Núcleo de Coordenação Orçamental da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (abreviadamente também designado por NCO)
Diretora do Departamento de Planeamento e Coordenação Orçamental - Maria Teresa Tavares de Campos
Núcleo de Gestão e Avaliação Orçamental (abreviadamente também designado por NGA)
Unidade de Projetos e Coordenação Orçamental (abreviadamente também designado por UPCO)
Diretora do Departamento da Rede Escolar e Projetos - Maria Alcina Simões Cardoso
Núcleo de Projetos e Qualidade (abreviadamente também designado por NPeQ)