Núcleo Jurídico (abreviadamente também designado por NJ)
Núcleo de Auditoria e Controlo Interno (abreviadamente também designado NACI)
Diretora do Departamento de Planeamento e Coordenação Orçamental - Maria Teresa Tavares de Campos
Núcleo de Gestão e Avaliação Orçamental (abreviadamente também designado por NGA)
Diretora do Departamento de Organização e Gestão dos Estabelecimentos de Ensino Básico e Secundário - Maria Alcina Simões Cardoso
Núcleo de Projetos e Qualidade (abreviadamente também designado por NPeQ)
Diretor do Departamento do Orçamento do Ensino Superior e da Ciência - Nuno Fernando de Vasconcelos Figueiredo Tavares
Núcleo de Planeamento e Monitorização Orçamental da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (abreviadamente também designado por NPMO)
Diretor do Departamento de Sistemas e Tecnologias de Informação - António Joaquim Salgado dos Santos Costa Ferreira
Diretora do Departamento de Administração Geral e Contratação Pública - Cláudia Sofia Barata Valente
Núcleo de Contratação Pública (abreviadamente também designado por NCP)
Unidade de Administração Geral, abreviadamente designada por UAG
Diretora do Departamento de Gestão e de Recursos Humanos - Maria de Lourdes Gomes Ribeiro Curto
Núcleo de Desenvolvimento do Capital Humano (abreviadamente também designado por NDCH)
Núcleo de Recursos Humanos (abreviadamente também designado por NRH)
Núcleo de Gestão do Orçamento de Funcionamento (abreviadamente também designado por NGOF)