Núcleo Jurídico (abreviadamente também designado por NJ)
Núcleo de Auditoria e Controlo Interno (abreviadamente também designado NACI)
Diretora do Departamento de Organização e Gestão dos Estabelecimentos de Ensino Básico e Secundário - Maria Alcina Simões Cardoso
Núcleo de Projetos e Qualidade (abreviadamente também designado por NPeQ)
Diretor do Departamento do Orçamento do Ensino Superior e da Ciência - Nuno Fernando de Vasconcelos Figueiredo Tavares
Núcleo de Planeamento e Monitorização Orçamental da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (abreviadamente também designado por NPMO)