O financiamento das instituições de ensino superior decorre no estabelecido na Lei de Bases do Financiamento do Ensino Superior, gozando as instituições de ensino superior público de um regime especial de autonomia (estatutária, pedagógica, científica, cultural, administrativa, financeira, patrimonial e disciplinar face ao Estado), com órgãos de governo próprio, ao abrigo do Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior.
No âmbito da sua gestão, as instituições de ensino superior públicas são autónomas na arrecadação de receitas e realização de despesas, e gozam de um conjunto alargado de competências na gestão do seu orçamento próprio, procedendo inclusivamente às alterações orçamentais legalmente previstas e não estando sujeitas a cativações. Sendo autogovernadas, compete aos seus órgãos próprios das instituições de ensino superior público as funções de auditoria interna e certificação de contas (por um fiscal único), tendo de cumprir as regras e princípios do regime da gestão financeira do Estado. Estas instituições estão apenas sujeitas ao poder de fiscalização, inspeção e controlo externo de entidades independentes designadas para o efeito, designadamente a Inspeção-Geral da Educação e Ciência, da Inspeção-Geral de Finanças e do Tribunal de Contas.