- Ação Governativa;
- Direção-Geral do Ensino Superior;
- Academia de Ciências de Lisboa:
- Centro Científico e Cultural de Macau;
- Fundação para a Ciência e Tecnologia, I.P.;
- Agência Nacional Erasmus+ Educação e Formação;
- Universidade Aberta;
- Universidade dos Açores;
- Universidade do Algarve;
- Universidade de Aveiro;
- Universidade da Beira Interior;
- Universidade de Coimbra;
- Universidade de Évora;
- Universidade de Lisboa;
- Universidade da Madeira;
- Universidade do Minho;
- Universidade Nova de Lisboa;
- Universidade do Porto;
- Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro;
- ISCTE - Instituto Universitário de Lisboa;
- Instituto Politécnico de Beja;
- Instituto Politécnico de Bragança;
- Instituto Politécnico de Castelo Branco;
- Instituto Politécnico do Cávado e do Ave;
- Instituto Politécnico de Coimbra;
- Instituto Politécnico da Guarda;
- Instituto Politécnico de Leiria;
- Instituto Politécnico de Lisboa;
- Instituto Politécnico de Portalegre;
- Instituto Politécnico do Porto;
- Instituto Politécnico de Santarém;
- Instituto Politécnico de Setúbal;
- Instituto Politécnico de Tomar;
- Instituto Politécnico de Viana do Castelo;
- Instituto Politécnico de Viseu;
- Escola Superior de Enfermagem de Coimbra;
- Escola Superior de Enfermagem de Lisboa;
- Escola Superior de Enfermagem do Porto;
- Escola Superior de Hotelaria e Turismo do Estoril;
- Escola Superior Náutica Infante D. Henrique;
Presentemente, nos termos estabelecidos pelo Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior, 5 instituições de ensino superior assumem natureza fundacional, 4 universitárias (Universidade do Minho, Universidade Nova de Lisboa, Universidade do Porto e ISCTE - Instituto Universitário de Lisboa) e 1 politécnica (Instituto Politécnico do Cávado e do Ave), como tal classificadas como EPR.
- AUP - Associação das Universidades Portuguesas (em extinção);
- IMAR - Instituto do Mar;
- Fundação para o Desenvolvimento das Ciências Económicas, Financeiras e Empresariais;
- Fundação Luís de Molina (atividade suspensa desde janeiro de 2016);
- Fundação Gaspar Frutuoso;
- TDC - The Discoveries Centre for Regenerative and Precision Medicine - Associação;
- UNINOVA - Instituto de Desenvolvimento de Novas Tecnologias;
- Associação Espacial Portuguesa - Portugal Space.
- I3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde da Universidade do Porto;
- IPATIMUP - Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto.